口腔診所的消毒室一般應設置在治療區的中央，便於各個治療區域的人員就近取物。口腔診所消毒室必須分汙染區、清潔區、無菌區、區域間標誌明確，區域間應有實際屏障，路線及人流、物流由汙到潔，不得逆行。裝修時牆壁、地麵等應使用光滑、耐清洗的材料，光線明亮，安裝有紫外線燈或臭氧發生器等空氣消毒裝置。
消毒供應室的工作應為4個部分：即滅菌前清洗、幹燥、分類、檢查及包裝，滅菌，儲存，發送。儲櫃可以是光滑無縫的材料，如不鏽鋼、樹脂、特質樹脂等製成。表麵需備有光滑的、透明的門。上麵的架子及抽屜應能卸下消毒。儲水池應有相應的溢水排水孔，並有足夠的深度，以利浸泡器械及擦洗盤子。全自動水龍頭與給皂器可預防病人之間的交叉汙染。圓弧形牆角則可讓手術區地板更易於清理。牆壁與底邊的連接處采用弧線設計，這是為了減少消毒死角。
消毒供應室的儲櫃可以分為兩個均等的獨立的儲層，以便儲放消毒及汙染的物品。
（1）汙染區：汙染區應設在靠近進口去，安裝有洗滌用的自來水和下水道，並有足夠大的位置放置清洗前的浸泡桶、汙物箱和超聲波清洗機等，如果使用一次性醫療器械的單位還應設有存放使用後器械的部位，浸泡桶和汙物箱必須使用耐腐蝕和具有一定強度的材料如塑料製成，浸泡液為1：1000的高效複方氯製劑，時間為30分鍾。
（2）清潔區：清潔區域的台麵上應有足夠的地方放置一些主要的消毒設備。如封口機、高壓消毒爐、幹烤箱等，設備按操作次序一次安放。
（3）無菌區：無菌區必須與前兩個區域完全隔開，區域內放置經清潔區消毒完成的物品，與治療區之間設有一個傳遞窗，醫務人員取物時必須通過這個窗口進行傳遞，防止消毒後物品逆向進入汙染區。此區域內的儲物低櫃底層離開地麵不少於30cm。
