概念、方案設計階段是醫療工藝設計中最為重要，也是最為複雜的階段，在此階段需要由醫療工藝設計單位完成《醫療工藝流程平麵圖》，或者由醫療工藝設計單位和建築設計單位來共同完成。醫療工藝設計單位的成果，有相當一部分要由圖紙來完成。這樣才能在建築設計單位的初設階段不花費大量時間去調整建築布局，甚至去麵對由於方案階段的不合理而留下的遺憾。
醫院建築設計主要需達到以下三個主要目標：
1.完成一級流程設計，確定主要出入口與建築內部、建築體與建築體之間的關係。
2.完成二級流程設計，確定主要功能區的麵積與建築形態，確定功能區的工藝流程。
3.完成三級流程設計，確定房間內的工藝布局。
特別注意的是，業內通行的做法是在建築方案設計階段隻做到二級流程，有的在建築初步設計、施工圖設計階段也不做三級流程，三級流程的很多內容交由裝修設計單位完成。不在建築方案設計階段完成三級流程，的確有很多因素是由設計時間和設計費用決定的。但客觀上，在後期再完善三級流程，一定會增加設計成本和時間成本。如果到裝修階段再考慮，還會發生不必要的拆改費用。
